造成過去世界崩壞的「人類史上最大最惡的絕望事件」被稱之為超高校級的絕望的他們,在世界各地同時發動了多起恐怖攻擊…為了與他們進行對抗,而有人設立了「未來機關」。過去的英雄・苗木誠被視為反叛者、被叫到受召集而來的未來機關幹部們面前。此時,突然間響起了黑白熊的聲音...
絕望篇的舞台在希望之峰學園的教室。集合了各個領域的超一流高中生,為了培育他們而設立的,政府公認的特權學園「私立希望之峰學園」。這所學園,存在著集中了超高校級的才能的「本科」,以及只要支付高額學費,就誰都可以進入的「預備學科」。不僅是才能,性格也獨具個性的本科77期生。
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