泊進之介與詩島霧子因接受調查異常現象的命令，來到「不可思議現象研究所」，幫助天空寺尊為奪回被上級眼魔偷取的幽靈眼魂而戰鬥。想不到結束後石碑竟引發蟲洞，將尊及進之介拉入時光洪流直至2005年，因兩人改變了原本該成為過去的歷史，卻造成十年後的現在本來被消滅的惡路程式再次大舉侵略。
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名叫泊英志的青年出現在假面騎士Drive泊進之介面前，警示在2015年8月5日，惡路程式會征服世界。接著「預言」說中了，「腰帶先生」發生異常，英雄假面騎士Drive成了全國通緝犯。一直以來，任何時候都一起戰鬥的搭檔成為了人類最大的威脅。剩下的路只有一條，唯有由自己對搭檔動手！
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